原来，在撒哈拉的漫漫黄沙之下，是坚硬的岩石层。数十万年前，由于地质运动，沙漠下的岩石受到抬升，从沙土中露出头。岩石层露出地面后，在风吹、日晒、雨淋等作用下，逐渐形成了一个巨大的凹地。
由于岩石层的结构不尽一致，受到的侵蚀程度也不同。在相同的自然条件下，坚硬的岩石受侵蚀程度较轻，特别是一些硬度较高、不易受侵蚀的古生代石英岩基本保持了原貌。而较软的岩石则被严重侵蚀，形成大坑。巧合的是，受侵蚀的岩石恰好组成了3个同心圆，于是这个奇异的“眼睛”便出现了。
然而，有人却对这种说法“不买账”，他们依然坚信，这神秘的“巨眼”是跟曾经失落的文明有关。他们认为，“撒哈拉之眼”是失落的古亚特兰提斯人的城市，而且是个水上城市，之所以是水上城市，是因为这个地质结构的形成，一定和水的侵蚀相关。
但是科学家对此却没有办法解答，因为这些东西已经超出了人类目前的理解范围。不过小编认为，在不久的将来，这个神秘巨眼一定会被揭开面纱，让我们看清它的“真面目”。