不过，令狄公没想到的是，很快一场猝不及防的灾难扑面而来。
由于多年以来，狄仁杰不畏权贵，刚正无私，不仅让很多人嫉妒，也得罪了很多人。
当时武则天得国不久，重用酷吏，大肆屠戮宗室和重臣，连资历很深的宰相裴炎、魏玄同等人都被酷吏杀害。
狄仁杰当宰相的第二年（692年），就被酷吏来俊臣纳入了“黑名单”，被诬陷谋反抓到了牢中。
狄仁杰作为司法系统的翘楚，非常清楚当时的司法程序已被破坏殆尽，为了不被酷刑直接杀死，立即承认了谋反的“事实”：“大周革命，万物唯新，唐朝旧臣，甘从诛戮。反是实！”来俊臣因此没有对他用刑。
判官王德寿诱惑他说：“你只要把官员杨执柔引为同党，就能免去一死。”
此时的狄公，可以用走投无路来形容，他哭喊着“皇天后土，竟让我狄仁杰做这样卑劣之事！”说着用头撞柱，血流满面，昏死过去。酷吏们无奈，只好暂时放他一马，放松了看管。
后来狄公通过棉衣藏书，成功让家属知道他在狱中情况，并上告武则天。武则天经过公堂对质，才知道狄公的“谢死表”等都是酷吏们伪造的，但由于狄仁杰认罪在先，被贬为彭泽令。
狄公逃脱大难，来到了几百年前陶渊明隐居的地方过了几年清静日子。
后来，突厥犯边，武则天又想起了狄仁杰，重新提拔他为魏州刺史，后来又担任幽州都督、河北道安抚大使。
