就是因为玛雅人突然神秘消失，有很多人都觉得他们就是外星人，还曾经有不少的科学家因此而开始研究玛雅文明，想要从中找到外星人的踪迹。但也有很多人感到质疑，如果玛雅人真的是外星人的话，他们为何是在北迁后才集体失踪的，他们完全可以直接待在原地，然后乘坐宇宙飞船离开。
还有人认为，玛雅人有可能是葬身大西洋了，不过，这个说法也让人感到自已。玛雅人的遗迹都还存在，他们为何要特别离开自己的家园，跑到大西洋去自杀呢？
最后，有很多人都认为，玛雅人的失踪可能来自于内战，他们的文明发展到巅峰时期的时候，就曾经引起过内战，那个时候，他们内部之间出现了很多矛盾，玛雅人之间互相残杀，导致了民族的灭绝。而人类在金字塔附近找到的13万具尸体，或许就是最有力的证据。就是因为内战，让曾经辉煌的玛雅文明消失了，可见团结有多么重要。