朱高炽便想了一个办法，既然祖宗的规矩不能变，但这些内阁成员却可以兼任其他官职，比如一个五品的内阁大臣，就兼任了一个三品的侍郎，或者是二品的尚书。这样一来，做起事情来也就方便多了，从这一时期开始，“兼职制度”就流传了下来，并延续了两百多年。
在靖难之役中，朱棣对效忠建文帝的诸多大臣给予了最为沉重的打击，许多忠臣遭到残酷的清洗，虽然朱棣继位之后，很多大臣包括太子朱高炽也曾建议他下令赦免这些所谓的罪臣，但朱棣都没有同意，明仁宗朱高炽登基后，不到两个月的时间里，就颁布诏令，赦免了因靖难之役被惩处的罪臣及家眷，并允许一些官员可以官复原职。
朱高炽并不喜欢战争，他认为想要实现天下大治，就要施行“仁政”，于是他上台后便做了三件事情：一是废除了一大批朱元璋时期拟定的严酷刑罚，二是建立“三杨内阁”，三是完善监察机制，这便是日后沿用数百年的“巡按制度”，仅仅几个月，大明朝的官场风气焕然一新，同时也为他的儿子朱瞻基开创盛世打下了坚实的基础。
