其次，便是在公元1626年的5月30日，地处北京西南角的王恭厂火药库一带发生了离奇的爆炸事件。根据后人的估算，那场爆炸的波及范围约为2.25公里，共造成约两万人死伤，爆炸威力相当于一万多吨的TNT。这次爆炸原因不明、现象奇特、灾祸巨大，是“古今未有之变”。那日也是明天启六年五月初六，按理说，王恭厂内应没有如此威力的炸弹，可是，究竟是什么导致了这场颇为离奇的大爆炸呢?
针对这场爆炸，世人众说纷纭，有地震说、陨石说、龙卷风说、火药自爆说，可每个论点却都没有可考的论据作为支撑。也因为年代太过于久远，加之爆炸现场早已被破坏殆尽，相关专家早已无迹可查。从当前可考的历史资料来看，人们只能对当时的爆炸做出大体猜测，而不能直接证实爆炸的起因。及至今日，这场大爆炸依旧是一个未解之谜。也因此，王恭厂大爆炸与3600多年前发生在古印度的“死丘事件”、1908年 6月30日发生在俄罗斯西伯利亚的“通古斯大爆炸”并称为世界三大自然之谜。