1937年，库兹涅佐夫回到苏联，获得了两个勋章--列宁勋章和红旗勋章。1938年他被任命为太平洋舰队副司令，他甚至没有时间接受这些事务，就被马上任命为太平洋舰队的司令，因为司令格里戈里·基列夫于1938年1月被召唤到莫斯科并被捕。这时的库兹涅佐夫年仅34岁。库兹涅佐夫在担任司令期间，竭力保护下属免受“大清洗”的伤害，尽可能保留部队的战斗力。
1939年3月，库兹涅佐夫成为苏共代表大会代表，随后成为海军第一副政委，一个月后出任海军人民委员兼海军司令，年仅35岁。国内有文章称，在库兹涅佐夫的建议下，海军总司令部发出指示，命令各舰队可对来犯者在无须警告下即可开炮。实际上这完全是子虚乌有的造谣。库兹涅佐夫领导的海军，主要面临的就是德国日本的威胁，而德国的威胁主要来自空中，日本的威胁主要是日方的联合舰队。库兹涅佐夫面对这样的强敌，不可能下令所谓“无须警告下即可开炮”的脑残命令，而是尽可能提高战备，保存实力。
事实上，库兹涅佐夫是苏联高层中第一个知道战争开始的人。因为德军首先轰炸了塞瓦斯托波尔，黑海舰队司令部向库兹涅佐夫报告了这一情况。由于库兹涅佐夫准备充分，开战当天海军没有损失一艘舰艇，而且水手们英勇地保卫了敖德萨和塞瓦斯托波尔，阻挡了德军从海上到高加索的突破。如果不是波罗的海舰队的大炮，列宁格勒也很可能无法保住。1941年8月，在库兹涅佐夫的指挥下，苏联海军航空兵还在极端困难的情况下轰炸了柏林。
