1996年，古墓被发现后，考古人员对九层妖塔展开了保护性挖掘。出土了大量的珍贵文物，丝绸、玉器、动物遗骸等等。可问题也接踵而来，专家们发现古墓年代久远，以我们现有的技术无法对文物进行最妥善的保管，不小心还可能破坏了文物，所以挖掘完两层之后，就停止继续挖掘了。
而且古墓是木质结构，结构复杂，继续往下挖掘可能造成古墓坍塌。文物损失不说，考古人员的人身安全也难以保障。考古人员挖掘文物是为了更好的保护文物，还原当时社会发展情况，揭开历史的神秘面纱。既然无法对文物进行保护，那就等时机成熟了，再进行挖掘嘛。
当然也有人认为，这是因为九层妖塔实在是太神秘了，在当地有很多的风言风语，阻碍了考古人员的挖掘。九层妖塔实在太神秘了，引人遐想，等着它神秘面纱揭开的那天。