不过古巴的政府军刚刚经历了五年多的武装斗争，战斗经验非常丰富，而且当地的民众也一条心地支持政府。再加上早已得到消息的卡斯特罗亲自坐镇，这支仅仅受过短暂训练的雇佣军显然不是对手，只用了三天不到的时间，这支入侵部队就被消灭了。其中90余人死亡，一千多人被俘。其后苏联政府连续向美国政府施压，要求美国政府立即停止对古巴的侵略。而肯尼迪政府始终拒绝承认猪湾入侵的背后是美国人撑腰。于是整个推翻卡斯特罗政府的计划就这样胎死腹中了。
对于这个时间，美国人也分为两派，以中情局为首的一派认为肯尼迪总统过于软弱，如果当时直接派出美国海军陆战队，古巴政府军是很难抵抗的。一战定音之后就不会有后面的麻烦。而另一派则认为中情局夸大了古巴流亡军队的作战能力，同时也低估了古巴政府军的作战能力，以及古巴人民拥护卡斯特罗政府的决心。因为战斗初期是民兵与突击旅的较量，他们为政府军赢得了充分的时间。无论如何，猪湾入侵是美国政府比较丢脸的一次军事行动，关于美国没有参与的谎话连三岁小孩也未必会信。猪湾入侵同时也是美国第一次支付战争赔款的事件，他们向古巴支付了价值六千多万比索的药品和婴儿食品，以换取战争中的人质。
同时，猪湾战争让肯尼迪政府被美国人贴上了弱势的标签，也让中情局被彻底改组，重新定位。但古巴政府毫无疑问是获益者。他们站住了脚跟，并获得拉美各国的尊重。但猪湾入侵毫无疑问也强化了美国和古巴的对立关系，间接引发了1962年差点毁灭世界的古巴导弹危机。
