与此同时，尽管西方口头表示尊重南联盟的领土完整，不允许科索沃独立，但实际上北约控制下的科索沃在迈向独立的道路上不断加速前进。于是，马其顿国内一些阿族极端分子从科索沃受到鼓舞，分离主义思想快速膨胀，不断地向马警察当局进行挑衅。2001年3月18日，科索沃阿族非法武装侵入马其顿西北部边境城市泰托沃，国内阿族分裂分子以争取“族权”和阿族人“人权”为由，或里应外合、或干脆加入来犯者的队伍，企图在马其顿挑起又一场“科索沃战争”，使马其顿成为第二个科索沃。
面对分裂行为，马其顿政府坚决予以镇压，武装冲突进行了近4个月，双方动用了重机枪和迫击炮等武器。武装冲突给该国带来了高达3.5亿德国马克的直接经济损失，此外国内工业生产、进出口贸易、居民人均收入都有不同程度下降，外债偿还工作也陷于停滞。如果战争持续到年底，将给马其顿经济造成毁灭性打击。在北约调停下，当年7月15日马政府与阿族叛军签署了停火协议，阿族在政治上的一些要求得到了承认。但是，两族之间的矛盾并未得到根本消除，阿族极端主义尚有一定影响，一些不满现状的人易受境外势力的挑唆。
由于马其顿政府对马、科边界地区一直缺乏有效控制，此后十多年，来自科索沃的恐怖分子可以轻易进入马其顿境内。2015年4月一天，一伙来自科索沃的武装人员又进入马其顿，占领了一座警察局，宣称要在马其顿建立阿尔巴尼亚族的国家。当年5月，马其顿北部城市库玛诺沃冲突又起，数十名武装分子发动突袭，在马其顿警察与武装分子的交火中，8名警察殉职，14名武装分子被击毙，成为自2001年以来马其顿发生的最为严重的冲突事件……
