康熙重用降将施琅，任其为福建水师提督，整军备战，准备统一台湾。经过一年的准备，1682年，施琅率水师从平海（今隶属福建省莆田市秀屿区）出发了，但是途中遇到大风，只好撤回。
1683年，施琅再次受命出击，率水师三万多人，战船三百多艘，出发了。出发之前，还弄了个隆重的誓师仪式，地点在福建东山岛（今福建漳州东山县东山岛）铜山港。
施琅水师出征的第一目的地就是澎湖。经花屿、猫屿到达澎湖岛南边的八罩屿水垵，然后进军至澎湖海面和郑军在对战，但因风浪太大出师不利，施琅右眼受伤。清军退回八罩屿，经过短暂的休整，再次出击，攻取虎井屿和桶盘屿，然后兵分三路向牛心湾、鸡笼屿、四角山发起进攻，各打各的，使劲往前冲，目标就是澎湖岛上的马宫城。
