1776年初，清军攻破大金川最后据点，索诺木等人投降。战争结束后，清廷在金川设镇驻兵，彻底废除金川土司的世袭制，修建衙门官署汉官当职，加强了对金川的管辖。
攻克索諾木官寨
得失成败，在于政治
金川之役旷日持久，除了当地地势险要，还依赖金川军民对土司的政治忠诚。大金川土司索诺木恃强好战，要求士兵抵死相抗，大量宰杀牛羊，分而食之。
当地土民信奉的是被清廷视为邪教的苯教，为维护自己的宗教信仰，群众也武装起来积极参战。当地土民佯装汉民，送染有毒药的西瓜毒死了千名清军，史称「西瓜闹」。面对劲敌，强盛无比的大清国却暴露了内部问题。清军首领贪功冒进，专断横行。遇挫相互推诿，贻误战机，导致清军屡屡受挫。
清军本身也暴露出很大问题，绿营兵作为清军主力，腐化堕落。由于缺乏训练，严重丧失战斗力，「一遇贼徒，各鸟兽散，将领皆所不顾，习为固然，全无纪律」。木果木惨败，就与绿营兵畏敌溃逃有直接关系。
对百姓而言，金川之战的代价是惨痛的。为土司头目服役打仗的番民死伤惨重；川省及周边地区的百姓为战争输送万斤粮食、枪炮机械，山路崎岖骡马难行，全靠川民肩扛背驮，百姓也已经疲累不堪。清军将卒、差夫死亡的最低估计不下十万人。此后清朝财政日益空虚, 国力渐衰，与大小金川战役有分不开的关系。
