苏联解体后，叶利钦将超级机构克格勃“大卸八块”，阿尔法特种部队保留了下来，在俄罗斯联邦安全局(FSB)支持下继续运转。后来，叶利钦索性将这支部队调入总统警卫局，成为自己的“护驾”部队。俄罗斯独立后，叶利钦推行休克疗法改革，结果导致大量国有资产流逝，同时物价飞涨，人民生活水平严重下降。在这种情况下，一些政客不再支持叶利钦进行激进式改革，他们以议会为斗争舞台，与叶利钦日益对立起来。
1993年10月，叶利钦与议会矛盾达到顶点，他下令阿尔法部队进攻议会，官兵不愿意参与国家内部斗争，因此抗命不遵。叶利钦于是动用了其他军队，武力解散了议会，冲突中导致出现大量人员伤亡。同年年底，叶利钦将不听话的阿尔法轰出总统警卫局，重新回到国家安全总局。不久车臣战争爆发，被冷落的阿尔法部队重新担起反恐重任，为捍卫俄罗斯人民安全利益，经历了一次又一次血与火的考验。
新世纪以来，随着恐怖事件危险性不断上升，阿尔法部队所面临的处境也越来越困难。同时，由于屡屡抗令不遵，阿尔法也引起政界一些人士非议和责难。但是，在恐怖主义活动频发的俄罗斯，阿尔法仍是最为倚重的“钢铁长城”。2002年，该部队参加了著名的“莫斯科人质事件”，并作出了杰出贡献。2004年，恐怖分子在别斯兰将上千学生俘为人质，解救百姓、立下奇功的仍是阿尔法……
