作为开国的第一文臣，李善长与淮西帮的头目，同时也是当时大权在握的蓝玉，结合在一起，这样的行为显然让朱元璋非常担忧。想象一下，这两人分别掌握了文官和武将的权力，他们的勾结会给朱元璋带来多大的压力和威胁？ 李善长和胡惟庸的关系，无论如何也掀不起什么大风浪。毕竟两个文官勾结在一起，似乎没有多大的威胁。但当李善长与蓝玉联手时，问题就大了，因为一文一武的结合，威胁的规模显然要大得多。
《明史·李善长传》还记载了李善长曾经向武将借兵的事情。李善长曾经向汤和借过三百兵力，声称是为了修建宅子。汤和虽然是个老实人，但他还是将这件事向朱元璋报告了。 既然李善长能向汤和借兵，那么他是否也能向蓝玉借兵？而朱元璋能容忍李善长借兵修宅子，却无法容忍他借兵做其他事情？ 李善长被杀的真正原因，估计正是他与蓝玉的关系过于密切，再加上他曾向武将借兵的前科，这让朱元璋产生了极大的担忧。 而蓝玉当时在朝中仍有重要的作用，并且外敌尚未平定，朱元璋一时不能对他下手。因此，他选择先将李善长除掉，以此来平息自己的焦虑，避免更大的隐患。
