李自成最担心的，仍是崇祯的下落。他下令四处搜寻，却始终没有结果。有人说皇帝南逃，有人说投河，也有人猜测藏身于大臣府邸。
直到三月二十二日，煤山上才找到他的尸体：头发掩面，白衣在身，一脚赤裸，一脚仍穿着红鞋。李自成见到遗体，方才释怀。周皇后的尸体早已在坤宁宫被寻获，两具遗体被抬到东华门外的草棚中，供百姓观望。
陈尸街头的场景，让许多人心生寒意。前朝官员中，仅有二三十人前来悼祭。大多数人选择避而远之，生怕牵连。
兵部主事刘养贞见此情形，心生不忍，自费买来薄棺，将帝后草草殓入。但棺木埋葬何处，仍需李自成裁决。为安民心，李自成命人以红漆、黑漆棺重新殓葬，表面上给了体面。
昌平州官吏赵一桂在《状中州》记载，他奉命协助安葬。崇祯生前未建陵寝，因风水师迟迟未能择地，导致身后无处安葬。赵一桂与百姓凑资三十四万钱，日夜督工，终于在四月初四，将帝后二人葬入昌平银泉山田贵妃墓。田贵妃的棺木被移至旁室，帝后棺木置于正室，封门而止。葬礼仓促，却已竭尽所能。
然而，李自成政权根基不稳。四月初，吴三桂引清军入关。山海关大战，大顺军惨败。李自成仓皇撤离北京，辗转南逃，最终死于湖北九宫山，被地方武装所杀。大顺政权只维持了短短数月。
五月初二，清军入驻紫禁城。摄政王多尔衮十分清楚，要在中原立足，必须笼络人心。他下令为崇祯设祭三日，追谥"怀宗端皇帝"。随后，清廷以皇帝之礼，将崇祯与周皇后重新安葬在田贵妃墓中，并将陵寝改名"思陵"。自此，明十三陵由十二陵增至十三陵。
顺治四年以后，清廷为了安抚明遗民，宣称自己入关并非夺自大明，而是推翻李自成，以"为明复仇"为名，保护明陵，修缮思陵。康熙、雍正、乾隆几代，又多次拨款修葺，使其得以延续。
至此，崇祯皇帝的葬事才算落定。讽刺的是，崇祯生前未能为自己筹备陵寝，死后却在异族政权的安排下进入明十三陵。崇祯的尊严，最终是由满清赐予的。
