然而，并非所有人都对这个决定持肯定态度，特别是为认罪协议的最终敲定而努力的律师团队。穆罕默德的首席律师索沃兹表示："我深表失望。这么多年过去了，政府仍未从这个案件中吸取教训。"
据报道，该协议是在经过长达两年的谈判后达成的。穆罕默德等人于2008年就被指控包括违反战争法的谋杀、袭击平民、袭击民用设施、恐怖主义和提供恐怖主义物资等罪行，美国政府表示将寻求判处穆罕默德死刑，但此后该案一直受到包括美国中央情报局（CIA）虐囚丑闻、美国两党党争、美国不同社会群体对恐怖分子审判诉求的分歧等多种因素的影响，迟迟未能取得进展。
2009年，时任美国司法部长埃里克·霍尔德宣布计划在曼哈顿的美国刑事法庭起诉3人，引发曼哈顿下城居民和共和党人的强烈反对，随后霍尔德放弃计划，案件由军事法庭继续负责。霍尔德在认罪协议被取消后评论称："（谈判团队）被政治投机者和意识形态拖累，这些人对我们的司法系统失去了信心。"
