尽管朱允炆的正规军人数远超朱棣，但由于朝廷缺乏有力的将领，曾经的名将几乎在蓝玉案与胡惟庸案中丧命。朱元璋在晚年为除去可能威胁朱允炆的力量，毫不手软地清洗了大量的文臣武将，甚至杀戮超过一万名精英。谁能想到，朱元璋当初为确保大明的基业，为孙子铺下的保障，反而成了他最后的致命伤。
与朱允炆的无兵可用不同，朱棣自幼便习武，身经百战，指挥若定，身边的将领也多为精锐之士。在靖难之役初期，朱棣成功渡过长江，并迅速围困南京，直逼皇城。朱允炆虽派遣李景隆与谷王朱橞出城求和，但朱棣根本不予理会。当南京陷入危机时，朱允炆只能寄希望于城防的坚固，然而，意外发生了。李景隆和朱橞竟然打开城门迎接敌军，导致南京的二十万守军几乎没有任何抵抗便选择投降。
朱允炆痛心疾首，刚刚逃入宫内，便收到了一个老太监急忙送来的铁盒。朱允炆打开铁盒，里面是朱元璋生前所留下的密旨，要求仅在皇城陷落时才能开启。盒中不仅有一张指引地下密道的图纸，指示朱允炆可通过密道逃往城外，还附有一封信，信中写道："如若朱棣叛乱，可派人向辽王朱植求援，南北夹击朱棣，一定能将其击败。"
朱元璋显然早已预见到朱棣可能叛乱的可能，并为此早早做出了安排。通过将朱植封在接近朱棣的地方，他希望能够牵制朱棣。信中提到的"南北夹击"，正是朱元璋布局的关键。而朱允炆在这时才发现，自己在面对朱棣起兵时，担心朱植与朱棣联合，竟然亲手解除朱植的兵权，错失了这张救命的底牌。
悔恨莫及，朱允炆哭泣不已，他只能匆忙放火焚烧宫殿，带着少数忠心的太监通过密道逃亡。朱棣进入南京后，只看到烧焦的尸体，寻找朱允炆的踪迹，然而并没有找到确凿的消息。有传言称他已经死于大火，也有传言说他选择了出家为僧。
朱允炆因急于削藩，未能掌握节奏和尺度，最终逼迫朱棣反叛，自己也因此断送了帝位。
