对于医院的通报，肖飞回应称"有异议"。他表示，自己和某护士长、某规培住院医师是存在私生活的问题，"但是网络上指控我跟其他的人发生了关系，我是一概否认的，这没有任何实据，给其他女士造成了很多困扰，我非常抱歉"。
而对于那些有关医疗质量和医疗安全的更严重的指控。肖飞强调，这一点他"完全不能接受"。
在肖飞提供给《经济观察报》的一份名为《关于2024年7月5日手术室纠纷事件的澄清》的文件中，肖飞称，2024年7月5日，他带前述规培住院医师进行手术准备时，与护士（举报信中提及的手术室护士）爆发了激烈争吵。"期间我感到头晕、手抖得厉害，实在无法开始手术，在确保麻醉后的病人很安全，且有麻醉医生、台上护士在场看护的情况下，我摘掉手套、脱手术衣，到手术室门口与领导协商能否更换巡回护士。"
肖飞称，在等待领导回复的过程中，为避免进一步冲突，也为调整身心状态，他返回病房测血压、吃降压药、喝水，平复心情后，和一位朱姓医生一起返回手术间顺利完成了手术。手术历时112分钟，出血10ml，术后患者顺利康复，术后第6天正常出院。
