经过勘探，明孝陵所在的独龙阜原本是一座坚固的石头山。有些皇陵是从上往下扒开一个深穴，建好后再封起来，但明孝陵却是横向凿入山体，从内部掏空建玄宫，这种横穴式的方法虽然工程浩大，但十分坚固，在没有炸药的情况下，古代盗墓贼从顶部向下打盗洞根本行不通。
横穴式设计使墓道成为盗墓贼的唯一通道。为了隐藏好墓道，修建明孝陵的工匠也是费尽心机。通过精密磁测，考古人员探测到，墓道并不是人们想象中在正中间，而是偏在一边，这种反常规的设计让许多盗墓贼无功而返。
但是经过专家们对史料和孝陵的考察发现，朱元璋或许并没有葬在孝陵，那里只是他的疑冢，真正的朱元璋墓只有朱允炆一人知晓。据说在朱元璋临死之际，把朱允炆叫到了跟前，嘱咐了他一件重大的秘密。这就是朱元璋的身后之事，他在临死时给世人留下了一个千古的谜题。
