最早要追溯到上世纪60年代，当时台湾军方设立了一个统一通信指挥机构，说白了就是负责所有部队的无线电，电话等通信保障，那个时候网络还没普及，主要靠电报和电话传递命令。但随着时代发展，互联网开始兴起，台湾军方也开始意识到：信息就是力量，谁掌握信息，谁就掌握战场主动权。
2001年，他们成立了通信资讯指挥部，这是台湾军队第一次把信息安全和网络攻击正式纳入军事体系，接着到了2004年，他们进一步升级，设立资电作战中心，不仅要守，更要攻，开始尝试主动进行网络渗透和电子干扰，这其实已经是电子战的雏形。
时间来到2016年，蔡英文上台，她不仅没有减编这类敏感单位，反而亲自提出了一个口号：资安即国安，也就是说，网络安全就是国家安全，随后她推动原本的作战中心在2017年升格为资通电军指挥部，这个级别一升，代表这个部门从幕后走到台前，成为真正意义上的第四军种。
