蚩尤作为不服黄帝管理的叛将，黄帝必须要杀掉他，如果不杀他会有更多的部落首领想要造反，所以黄帝为了以儆效尤，让蚩尤身首异处，还侮辱他的尸体，把他的脑袋高高挂起来示众，将他身上的肉剁成肉酱混到苦菜酱里让将士们吃掉，还拿他的胃做成球，让将士们颠来颠去，谁颠得越久花样越多就有奖励。
黄帝怕蚩尤死后还魂，将他的身体砍成四段，分别埋在东南西北四个方向，这样任蚩尤再厉害，也不肯在天南海北四个角落拼凑起自己的尸体重新活过来，蚩尤死后，黄帝也兼并了他的部落，并对部落里的俘虏非常好，蚩尤的手下被他感动了就自愿融入黄帝部落，与黄帝、炎帝等部落的人形成了如今中华民族的最早主体。
尽管蚩尤战败，但他英勇善战的一面给人们留下深刻印象，黄帝都愿意称他为"兵主"，并且将他的肖像画在军旗上鼓励士兵像蚩尤一样勇猛，《史记记载》后世人都把蚩尤看成是"战争之神"，只要出征都要先祭拜他一次，祈求他保佑自己得胜归来，"三曰兵主，祀蚩尤。"
我们现在只要提到蚩尤就会认为他是反面角色，这是因为以"仁爱"为本的儒家不喜欢大兴干戈的蚩尤，就将他污名化成"邪恶"的形象，中国人自汉朝之后慢慢改变原先对蚩尤不错的印象，认为他是到处挑起战争的狂徒，九黎部落联盟的苗族后人对此很是气愤。
