2024年1月13日，选举结果揭晓，赖清德以40.1%的得票率当选，国民党候选人侯友宜获33.5%，民众党候选人柯文哲得26.4%。赖清德的胜选意味着民进党连续第三次执政，但其得票率低于预期，反映岛内民意分裂。马英九在选举后未公开评论结果，而是选择继续推动两岸交流。2024年12月18日至26日，他第三次率团访问大陆，行程包括黑龙江和四川，期间参观哈尔滨冰雪大世界，并与当地学生交流。
2025年6月14日至27日，马英九第四次访问大陆，参加在福建举办的第十七届海峡论坛。他在厦门会场发表演讲，他强调，两岸和平发展是共同期望，呼吁深化民间合作。访问期间，他还前往甘肃，参观敦煌莫高窟，仔细观察壁画细节，并与随行学生讨论文化保护。
马英九在2024年1月10日的采访中明确指出，美国的口头承诺不可靠，台湾省应通过与大陆对话寻求和平。他警告，台海若发生冲突，美国难以全面介入，岛内需谨慎应对外部势力的影响。他的发言直指民进党政策的风险，呼吁选民在选举中做出理性选择。
赖清德上台后，两岸关系未见明显改善。2025年7月，马英九在另一次公开场合重申，台湾不应成为大国博弈的棋子，强调和平对话的必要性。
