结束首站深圳参访后，代表团还将前往广州，瞻仰黄花岗七十二烈士陵园、参观黄埔军校旧址纪念馆，并与中山大学师生交流，此外，还将参观位于中山市翠亨村的孙中山先生故居纪念馆。
黄花岗七十二烈士陵园，正是为纪念1911年4月27日孙中山领导的中国同盟会在广州黄花岗起义中牺牲的烈士而建。园中存有1912年陵园初建时，孙中山先生亲手种植的松树。此前，中国国民党也曾多次在此组织拜谒活动。
而黄埔军校旧址纪念馆同样是连接两岸共同回忆的重要地点。建于1924年的黄埔军校，是孙中山先生在中国共产党和苏联的积极支持和帮助下创办的，是第一次国共合作的产物。今年正值黄埔军校建校100周年，马英九此时率团参访，也具特殊历史意义。
今年同样是中山大学建校100周年。代表团选择参访这所由孙中山先生创建的高校也颇具深意。直新闻注意到，台湾高雄的中山大学与广州中山大学同源而生，外界期待，参访团此行能扩大两岸青年交往。
事实上，广东还是台湾同胞的重要祖籍地，也是台商在陆投资设厂的重镇。据统计，在粤台商、台胞就有近30万人。马英九此前就曾为广州市的台协题词，外界也同样期待，参访团此行能促进两岸经济合作交流。
值得一提的是，在香港九龙出生的马英九虽然在台湾长大，但完全能听得懂广东话，甚至还能讲上几句。在此前的采访活动中，马英九还会专门跟来自广东或者香港的记者聊几句粤语。就在今年春节，马英九还用广东话和大家拜年。
"重头戏"
率团参加"甲辰年清明公祭轩辕黄帝典礼"及首次踏上北京被台媒称为马英九此行的"重头戏"。按照计划，参访团将于4月3日晚间抵达陕西，并于4日上午参加祭祀活动。
轩辕黄帝是中华民族人文初祖，也是中华民族的血亲始祖。每年清明时节，在黄帝陵公祭轩辕黄帝是海内外中华儿女"溯源、寻根、凝心、铸魂"的传统盛事。上世纪80年代以来，每年都有大批港澳台同胞及海外的华侨华人到访祭拜黄帝陵。
近年来，包括中国国民党前副主席蒋孝严、中国国民党荣誉主席连战及夫人连方瑀、中国国民党前主席吴伯雄、新党前主席郁慕明、亲民党主席宋楚瑜等台湾知名人士都曾率团到黄帝陵谒陵祭祖。
2009年4月，马英九在台北遥祭黄帝，是1949年后第一位主持遥祭黄帝陵典礼的台湾当局领导人。8年任内，马英九曾六度参加遥祭黄帝陵典礼。观察指，马英九此行跨越海峡，突破空间界限，来到陕西黄帝陵，实地拜谒黄帝、祭祀祖先，终可一偿宿愿。同时，对于两岸同胞共同传承弘扬慎终追远、饮水思源的中华优秀传统文化，也将起到积极的引导作用。
中国社科院台湾研究所副研究员刘匡宇认为，去年马英九回湖南祭祖，今年赴陕西参加"清明公祭轩辕黄帝典礼"，是从"小家"到"大家"的升华，是对于中华民族共同始祖的追思、缅怀与继承。刘匡宇还对直新闻分析，台湾的"独派"势力经常被批数典忘祖，就是因为他们在国族认同上出现偏差。此次马英九谒陵祭祖，将有助于从法理法统上，从历史根脉上，再度确认重申，两岸同根同源、血脉相连。
"马英九先生此次率领台湾的青年学生去祭祖，特别是在他们系好人生第一颗扣子的阶段，让他们去对于共同的两岸的共同的人文始祖，对于我们共同的历史传承、国族认同有一个清晰而准确的认识，我觉得也是非常重要的一个意义"。刘匡宇说道。
4月7日下午，参访团预计抵达北京。据悉，在京期间，除了前往北京大学参访交流外，也会参观八达岭长城、北京故宫、中国空间技术研究院及卢沟桥和中国人民抗日战争纪念馆，另外还将参观奥林匹克公园内的"冰丝带"（国家速滑馆）及"鸟巢"（国家体育场）。
4月11日上午，全团将搭乘国航CA-185班机，由北京首都国际机场飞返台湾，结束此次参访行程。
中国国民党籍民意代表柯志恩认为，马英九已经没有任何官方的职位，他领头去做两岸的交流对话是非常合适且有益的。中国国民党籍民意代表赖士葆则指出，岛内有超过60%的人支持马英九这一趟"和平之旅"。"民进党应该很清楚，他们做不到的两岸的对话，马英九替他们做了。"
台湾地区前外事官员介文汲也相信马英九此行会成果丰硕，"为寻求和平而去，我想这是符合大部分人的利益，符合两岸所有人民的利益，会在两岸人民间获得普遍的支持跟欢迎，这就是最重要的"。
香港"中评社"分析了马英九再访大陆的四个意义：一是传递两岸和平讯息；二是寻回两岸认同；三是以马英九个人来说，展现了有意承担两岸和平使者大任的决心；第四则是帮助国民党重新擦亮"两岸沟通管道"金字招牌。
刘匡宇也认为，马英九在蓝营有着非常高且非常特殊的政治地位，当他的访问取得较大成功的时候，就可以激励国民党党员以更积极的姿态，在更宽松的氛围中，投身到两岸交流中。"这将会是比较好的探路和铺路效应"。
