探索机制
图片来源：珠海发布
而一系列围绕深化合作的体制机制安排，让横琴也多了几分其他开放区和试验区的影子。
最突出的一点是有关"分线管理"的安排。
根据《总体方案》，合作区实施范围为被划定在横琴岛"一线"和"二线"之间的海关监管区域，其中，横琴与澳门特别行政区之间设为"一线"；横琴与中华人民共和国关境内其他地区(以下简称内地)之间设为"二线"。
不同的"线"对应着不同的管理方式。对于货物，采取"一线"放开、"二线"管住的策略；而对于人员，则将实现进出高度便利化。需要说明的是，"一线"将推行"合作查验、一次放行通关模式"，并"推进澳门大学横琴校区与横琴口岸的专用通道建设"。
这很容易令人联想到海南自贸港的相关政策。根据去年出炉的《海南自由贸易港建设总体方案》，"一线"放开，"二线"管住的管理模式同样得以运用，其中，"一线"以进出口禁止、限制清单以及进口征税商品目录的方式，对进出口进行管理；而"二线"则按进口规定对进入内地货物办理相关手续、征收关税和进口环节税。
在不少专家看来，横琴此举打造了一个与海南类似的"自由港"环境。但横琴的目标明显更为明确、聚焦--对接澳门，因此，尽管政策晚于海南出炉，但却拥有了更早探索"自由港"的先机。
在体制机制的探索上，横琴还有更多先行之利。
《总体方案》此次首提的"粤澳共商共建共管共享的新体制"，成为合作区建设最受关注的内容。作为一种跨行政区域的合作区，横琴无疑是特殊的--它涉及到两种制度、两种货币，融合的难度和障碍都明显高于其他普通的同城化区域。
一种全新的制度设计被用于区域协调当中。
根据《总体方案》安排，粤澳双方不仅将联合组建合作区管理委员会，广东省长和澳门特区行政长官还将共同担任管委会主任。在公共管理之外，两地还将共同执行，管理委员会下设执行委员会，主要负责人由澳门特别行政区政府委派、广东省和珠海市派人参加；还将共享收益，2024年前投资收益全部留给合作区管委会支配，中央财政对合作区给予补助。
这种探索具有很强的先行先试的特点。澳门大学社会科学学院院长胡伟星在接受采访时直言，"以前从来没听说过特区可以去共管对方管辖范围内的事情"，他更提出一种设想，"如果横琴粤澳深度合作区发展得比较好，为比如南沙、前海，还有其他的地方会提供一个示范作用。"
在中山大学岭南经济学院教授林江告诉城叔，除去几个区域本身的区别外，更重要的一个问题是，需要更多时间证明横琴共商共建共管共享体制能够成为成功样本和范例。"从这个角度出发，横琴正在从事的与管理体制有关的制度创新试验的重要性，可能会比深圳前海与深港河套合作区目前正在实行的管理体制更加受到关注"。
