在对待大臣的态度上，朱佑樘跟他的祖先朱元璋表现迥异。人们都知道，朱元璋嗜杀成性，他几乎把开国功臣杀了个精光，如此残忍对待功臣，史上罕有，连朱元璋的儿子，太子朱标对他老爹的做法都提出异议。但是朱元璋却对朱标说，他这么做是为了帮助儿子扫除将来执政时的障碍。但是，把几乎所有的开国功臣都视为儿子治理国家的障碍，这未免也太神经过敏了吧，怪不得有人认为朱元璋患有精神病。其实朱元璋并非真正有病，他比谁都清醒，他出身低微，完全靠打拼才得到天下，他生怕身边的武将夺取自己的江山，才设法一个个把他们除掉。
相比另外两个开国皇帝刘邦和赵匡胤，朱元璋可以说是最狠辣的。刘邦虽然也杀了功臣，但他只杀造反者和对大汉政权有潜在威胁的人，而且数量极少，就臧荼、彭越、英布、韩信几个，大量的功臣都被封了王侯，受封的功臣高达一百多人。这些被封的大臣都死心塌地为刘汉政权效命。而赵匡胤对于功臣，是一个不杀，采取杯酒释兵权的温柔手段，只要武将们的兵权，不要性命，并给他们封官，让他们安享富贵。
朱佑樘在对待大臣的态度上，也是一个不杀。很多大臣提出对万贵妃娘家满门抄斩，但是善良宽厚的朱佑樘并没有这么做，他对大臣们说就到此为止吧，他只是把万贵妃的弟弟撤职抄家，但并没有杀他。要知道万贵妃可是他的杀母仇人，他幼年时期的苦难完全是她造成的。对于万贵妃扶植起来的奸佞小人他也只是革职而已，而任用一些真正德才兼备的大臣如王恕、马文升等。他重整朝纲，使大明朝走上了正轨。
