朱佑樘首先整顿身边的人，太监梁芳是万贵妃的亲信，他靠给万贵妃进献珍宝受到万贵妃的宠信，朝中大臣升迁都要走梁芳的门路，朱佑樘登基第六天，就把他下了大狱，当然也仅仅是下了大狱，并不要他的性命。李孜省也是万贵妃的红人，他甚至操纵内阁随意提拔和罢免官员。朱佑樘罢了他的官，然后把他流放边关。
内阁首辅万安，跟万贵妃攀上亲戚，自称是万贵妃的侄子，此人虽为宰辅，却毫无建树，被当时的人们戏称为"纸糊的阁老"。万安虽然没有治国才能，但是对宪宗却是百般迎合。一天，朱佑樘在宫中发现一一个匣子，里面都是万安给宪宗的奏疏，而奏疏中竟然写的都是房中术。朱佑樘派太监到万安府中去宣旨，斥责他说："这是一个阁臣应该写的内容吗？"随即，朱佑樘革了他的职，把他逐回原籍，朱佑樘还是不杀人！
之后，朱佑樘起用了一批贤德的大臣，在他的周围形成了一个贤臣集团，他领导这个集团，把大明朝推上了中兴之路。
综观朱佑樘对罪臣的态度，可以看出，这位皇帝格外仁慈，他对败坏朝纲的奸佞小人，都不动杀念，这跟他小时候的经历有深刻关系。他自幼受尽磨难，备尝人世的艰辛，这让他对生命格外珍视，以至于对十恶不赦的坏人，都不忍杀戮。
