崇祯十六年（1643年），张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯四川，秦良玉上呈全四川形势给巡抚陈士奇，建议派兵守十三个关隘，但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。
崇祯十七年（1644年），张献忠领大军长驱直入，再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说："我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立！"于是秦良玉分兵守卫石砫境，张献忠到处招降四川土司，却不敢来石砫。
隆武二年（清顺治三年，1646 年），远在福建的隆武帝朱聿键派使节专程赴石柱，加封秦良玉太保兼太子太保衔，封忠贞侯（钱海岳《南明史》为忠州侯）。同时近在西南的永历帝朱由榔加封秦良玉太子太傅，任以四川招讨使，仍以镇东将军督兵平定川中诸贼。
永历二年，明朝宗室朱荣藩称监国于忠州，派使者征粮于秦良玉，秦良玉不应，朱荣藩遣军攻之，秦良玉求救于李占春，朱荣藩才退走。五月二十日（清顺治五年，1648年7月10日）寿终而死，享年 75 岁。
