可是，由于朱元璋爱屋及乌，要恩及其子孙，由于其长子宋瓒早逝，就将宋濂的次子宋?召为中书舍人，宋瓒的儿子宋慎也被录用到仪礼序班。宋氏祖孙三代同在内廷当差，成为最接近皇帝的官员，这份殊荣令人羡慕不已。
宋濂自身的表现无可挑剔，然而他却没能管好自己的子孙。宋璲叔侄自由出入内廷的便利条件，终被别有用心的人盯上，宋慎被牵连到"胡惟庸案"，以"胡党"的罪名被处死，宋璲叔侄则受到"连坐"一并处死。
史书上没有关于"胡惟庸案"涉案人员犯罪的详细记录，宋氏叔侄具体犯的什么罪不得而知。按照一般的常识，谋反行动是极其隐秘的，大部分活动都是以口头的方式进行，不会留下太多文字上的线索，这本身就给查证工作带来很大的困难，所以，光凭参与密谋，或者知情不报就可以定罪。具体到宋氏叔侄来说，他们极有可能是被别人供出来的。虽然没有证据显示宋璲、宋慎是否答应了胡惟庸，准备利用工作和职务之便阴谋毒害朱皇帝，但仅凭其知情不报，没有揭发胡惟庸的阴谋这一条，就足够定他们死罪了。朱元璋还将被自己誉为"纯臣"的宋濂押到南京，准备开刀问斩。马皇后知道后，大为惊讶，劝谏道:老百姓家为子弟延请教师，尚且能够以礼全始终，何况天子!而且宋先生早已回乡家居，必不知情，希望手下留情。
马皇后清楚，此时的朱元璋根本听不进她的话。因此在第二天帝后就餐时，马皇后不碰荤腥，朱元璋询问缘故，马皇后回答道:"妾为宋先生作福事。"一向对皇后敬重有加的朱元璋听后，终于动了恻隐之心，免去宋濂的死罪，改为流放，发配茂州。
宋濂虽然逃过一死，但是千里迢迢的流放，对于自诩为"俯仰无愧"的君子而言，简直是奇耻大辱。年逾古稀的他，还没有到达茂州，就郁闷地死在了夔州(今重庆奉节)途中。享年七十三岁，时间是洪武十三年(公元1380年)九月。
