后来朱棣造反，跟他生死相向，朱允炆居然在军队出征前，说"莫伤害朕之叔父"，就让前去平叛的军队畏手畏尾，让朱棣逃脱了不少危险。但是真的说起为什么建文帝没有调动全国军队镇压朱棣，主要还是有两个方面原因：朱元璋制造的"明初四大案"成为了朱棣的助力
我们都知道朱元璋处死了很多有能力的大臣和将领，比如大将军蓝玉。当接到朱棣造反的报告后，朱允炆环顾四周，竟然找不到一个可以派遣的将领，最终也只能拜托老将耿炳文，率军北伐燕贼。对外宣称出兵30万，但实际上满打满算不会超过13万。
不久两军交战，朱棣对耿炳文的用兵可以说是了如指掌，毕竟是自己的父亲的手下，对耿炳文的想法，朱棣还是很了解的，于是耿炳文的军队也被燕军打的节节败退。此后更是被朱棣逮到一个机会，成其不备，将耿炳文的精英部队几乎全部歼灭。接着朱棣在滹沱河北岸与耿炳文的剩余兵力对战，最终取得胜利。
所以朱允炆没有调动全国兵力，因为手里没有拿得出手的大将是最重要的一个原因，唯一能排得上号的耿炳文还被打得节节败退。有句老话不是说"将熊熊一窝"吗？没有能指挥打仗的将军，就算有再多的士兵又有什么用？朱允炆用人方面存在了巨大失误
