桓玄篡位后，骄奢淫侈，大兴土木，百姓苦不堪言，民心思变。北府旧将刘裕、何无忌与刘毅等人推举刘裕为盟主，准备举义兵讨伐桓玄。
元兴三年(404年)二月，刘裕等人正式举兵，桓玄接连溃败，当年五月被杀，时年三十六岁，史称桓楚武悼帝。不久，桓玄头颅传至建康，刘裕命人高悬示众。
桓玄死后，刘裕成为了东晋皇室的"救命恩人"。刘裕拥立司马德宗复位，从此控制了东晋朝政。
义熙五年(409年)二月，占据齐鲁大地的南燕皇帝慕容超对东晋用兵掠取。四月，刘裕率军攻击南燕。此战进行的时间较长，也非常惨烈，一直到次年二月，刘裕才攻入南燕国都广固城。慕容超见大势已去，带领身边数十人出城逃跑，被刘裕的军队生擒，南燕灭亡。随后，刘裕命人将慕容超押送到建康，并在街市将其斩首，时年二十七岁。
