后来，李太后为了照顾朱翊钧的衣食起居，搬到了乾清宫居住。李太后一心想要让朱翊钧成为一个明君圣主，对朱翊钧的教育非常严格。有一次，朱翊钧不愿意读书，直接被李太后叫了过去，罚跪了很长一段时间，才让朱翊钧起来。封建社会虽然说是皇权至上，可李太后这样的教育方式，却让小皇帝朱翊钧在皇宫里根本端不起架子，连一些宦官都敢仗着李太后的威势，对小皇帝过分管束。
因此，朱翊钧表面上不敢违背李太后分毫，可实际上他们母子的关系早就出现了隔阂。明神宗18岁的时候，因为醉酒调戏了一个宫女，结果被大太监冯保告到了李太后那边。李太后知道这事儿后，让人把张居正找来上疏切谏，让张居正为皇帝写一份"罪己诏"。最后，李太后让明神宗在慈宁宫跪了6个小时，才得到了李太后的谅解。此后，明神宗就对冯保和张居正等人有了恨意，想要伺机报复。
