受封为叔父摄政王的多尔衮独揽大权，调兵遣将一边追击李自成的农民军，并在1645年九月迫使李自成死在湖北九宫山，另一边强力对付刚刚成立的南明弘光政权，将弘光帝俘杀。在此期间，清廷内部尤其是皇族内部的权力斗争也很激烈，多尔衮先后逼死了豪格和阿济格。
1650年，多尔衮在喀喇城（今河北承德）病死，福临亲政并马上对多尔衮进行了清算和报复。但清廷内部的权力纷争，给南明河抗清势力以喘息之机，全国出现新的抗清高潮。
随后，福临采取抚重于剿的策略，实行"招降弥乱"的怀柔政策，起用洪承畴经略湖广、广东、广西、云南、贵州等处。清军面临的局势逐渐好转，为日后进攻云贵，统一全国，奠定了基础。
1653年，福临采纳范文程等人建议，推行屯田、招民垦荒等，恢复农业经济。吏治上派监察御史巡视各地，注意发挥汉官的作用。1661年，笃信佛教的福临染病去世，终年24岁。此时，除东南沿海之外，清军已基本统一各地。
