洪武三十一年（1398年），朱元璋去世，临终的时候怕诸王夺位，传下遗诏：诸王留候封国，不准前往京师奔丧。朱允炆善用皇爷爷给他留下的文臣，采纳了齐泰的建议--推行削藩。燕王朱棣明面装疯卖傻，暗地里招兵买马练军，以平定叛乱为由发起靖康之变。
朱高炽因为身体不便，留守北京，朱棣带着朱高煦、朱高燧外出作战。朱高炽性格本就不激进但是非常理性，在靖难期间，能人善用，宽厚待人，因而得到朱棣手下文臣杨士奇、杨荣、黄淮等重要臣子的心，与他们建立了深厚的友谊。
建文元年（1399年），朱高炽因为担任为父亲守住大本营之职，深入到地方政治，增长了实际料理国家大事的能力--朱棣当时留一万精兵给朱高炽，命他千万将城守住。
同年11月，寒风习习，北京上空飘来鹅毛大雪，城外保皇军忽然兵临城下。朱高炽听到消息，立刻下令关闭城门，并且命人用水浇灌城墙，第二日城墙结成一层厚厚的冰，李景隆手下的士兵无法进入北京城，成功挫败了这一次强有力的攻击。这件事令朱棣对自己这个大儿子有了改观。
