在北京，优质三甲医院几乎在千禧年的医学院校改革时，医院分别迅速加入了协和系、首医系、北大系，被瓜分殆尽。
清华大学只能在北京市新建的、非三甲医院中，四处"化缘"。据清华大学医学院官网，目前清华大学共有4家附属医院，分别是华信医院、玉泉医院、长庚医院和垂杨柳医院。这几家医院无一是三甲医院。
其中，华信医院和玉泉医院都是早在与协和合作前就成为了附属医院。其中玉泉医院为了成为三级医院，还因为床位数不能满足三级医院要求，主动由"综合医院"申请转为"中西医结合医院"。
这四家医院中，最新的一家医院是长庚医院，清华大学临床医学院院长董家鸿也是这家医院的院长。长庚医院由台塑关系企业和台湾长庚纪念医院捐建，目前为清华大学与北京市共建共管，规划床位1500张。
长庚医院可能是清华的附属医院中最有可能冲进三甲的一家。但据知情人士透露，长庚医院主要仍由北京市卫健委管辖，无论是人事权还是财政权，清华可能都对其缺乏控制力。
这意味着，在京内，清华大学的附属医院里，不仅数量不足、缺少王牌医院，而且清华大学的控制力也不够。
京内不成，清华大学这些年也尝试把触角伸向京外。2019年10月，融创中国、青岛市人民政府与清华大学在青岛举行签约仪式，宣布建设"清华大学附属融创青岛医学中心"。其中，清华大学附属融创青岛医院是清华大学临床医学院的附属医院，作为清华大学在京外设立的第一家附属医院，后期将申报为市属三级公立医院。
但八点健闻核查，清华大学这家京外的附属医院，至今未落成营业。
直到今日，回看清华大学办医学院、渴望在医学教育中大展鸿图的这20多年，一路荆棘。短暂的历史似乎印证了多位医学教育专家的那句话：办医学院、做医学教育，想要一蹴而就是不可能的，至少需要近百年的积淀。
面子和里子：协和医学院与清华的纠葛
错过2000年的院系大调整后，清华仍未放弃协和。
磨合争取多年后，双方终于在2006年签下一纸"合作"合同--《清华大学和中国协和医科大学关于落实两部协议的实施意见》（下称"《意见》"）。此后，曾经的协和医科大学不复存在，成为了如今的北京协和医学院（清华大学医学部）。
但协和医学院仍为独立法人，对人事、财务和资产行使独立法人权利及承担独立法人责任。用现在时髦的话来说，大概就是"好像结婚了，但又没完全结婚。"
然而，那时的清华大学，或许并未切身体会到强扭之瓜背后的代价。
从面子上看，清华与协和合作以后，清华的医学影响力能迅速跻身第一梯队。"在面向国外的时候，清华和协和的学科能力会放在一起计算，给清华长了不少脸。"一位接近清华大学的人士向八点健闻表示。
但从里子上看，这场"联姻"的功能单一，只有生源这一个层面。所以给清华大学医学学科带来的实际提升却并不多，尤其在清华大学最需要的临床医学方面。
评价一个医学院的临床能力很大程度上依赖附属医院。事实上，清华大学一直努力想要牵手协和，看重也正是协和深耕多年的优质附属医院资源，包括协和、阜外、肿瘤、整形外科、血液病和皮肤病医院。这套体系内既有综合医院也有专科医院，更是集成了医、教、研三位一体。
遗憾的是，由于双方并未合并，而是合作办学关系，导致协和的大部分附属医院并不能为清华所用。
而在清华大学的教学医院中，唯一与协和医学院有点联系的，是北京协和医院。但清华大学官网却显示，在签约合作当天，甚至都未出现协和医学院的身影。
合作不顺，归根结底还是因为协和医学院的特殊身份。协和医学院不仅是国家卫健委直属医学院校，对外还有"中国医学科学院"这个地位重要的牌子。
凡此种种，似乎从一开始就预言了两者渐行渐远、貌合神离的现状。
一位接近协和医学院的人士向八点健闻表示，"两校合作不是协和主动提出来的，协和是被动的。不存在跟谁（合作）、不跟谁（合作）。协和本来也没打算要跟谁（合作）。"
另据丁香园报道，清华大学医学院做招生宣传时，清华大学秘书长一开始就表明自己的身份，和协和撇清关系，以正视听。"我们和协和经过几年痛苦的摸索后，决定我们办我们的清华大学医学院，他们办他们的北京协和医学院。我们现在的关系就是，他们学生的两年预科阶段在我们这里上。"
现如今，在双方的官网上，清华大学与协和医学院的院系设置和教育教学板块，均未在明显位置提到对方的名字，只在需要时一笔带过。
中国医学科学院作为协和医学院的另一面，近两年发布的《中国医学院校科技量值》排行榜有很高的行业关注度，成为了评价医学院校学科实力的重要标志。
