建文四年六月十三日，燕军闯入金川门，茹瑺带领建文朝29个文臣，手举降表，欢迎新主朱棣的到来，后来茹瑺首先劝燕王朱棣早登皇位，由此深得朱棣欢心。
朱棣即位后，仍让茹瑺担任兵部尚书，另外，还加太子少保衔，并特封茹瑺为忠诚伯，食禄1000担，终身享用。朱棣不仅给茹瑺加官进爵，还选其子茹鉴为秦府长安郡主驸马，茹瑺一时风头无两。
永乐六年，茹瑺奉命给他的儿媳妇营造秦府长安郡主府第，回京复命的路上，茹瑺遇到了朱棣的亲生儿子赵王朱高燧，按照大明祖制，大臣遇到亲王必须跪拜，亲王走时一定要礼送，然而茹瑺却没有礼送赵王，因此，受到赵王的弹劾，被遣送还乡。
不久，茹瑺在家乡又被人告状逮到京城，朱棣知道后，下旨又将其放回了故乡。在回家的路上，茹瑺又再次犯错。他路过长沙时，没有拜见谷王，有违祖制，谷王恼怒，上书参奏。大臣陈瑛趁火打劫，弹劾茹瑺建府第时，违反规制，朱棣派锦衣卫逮捕茹瑺，将其打入大牢。
茹瑺悲愤异常，知道难免一死，于是就让次子茹铨买了毒药，在狱中服毒自尽而死。司法部门开始弹劾茹铨毒杀父亲茹瑺，要以毒杀父母的罪名惩处，后来了解到茹铨确实是秉承父命买毒，于是死罪免去，活罪难饶，将茹铨与他的哥哥、弟弟等亲属二十七人谪戍到广西河池劳改，在那儿一直呆了十四五年，到朱棣死后，明仁宗即位后才放还。
