桓玄一度篡夺帝位
王恭等人的叛乱虽然被平定，但威胁帝国安危的隐患依然存在，尤其是桓玄不久后袭据荆州、控制长江中游，更是让司马道子父子寝食难安。元兴元年（402年）正月，司马元显率军讨伐桓玄，然而前锋大将刘牢之却在阵前倒戈，导致朝廷的军队大败，建康也很快失守。桓玄进入京师后，捕杀司马道子父子及其党羽，随后逼迫晋安帝进拜他为丞相，就此控制朝政。
桓玄掌权才1年多时间，便自认为改朝换代的时机已成熟，遂在大亨元年（403年）十二月逼迫晋安帝"禅位"，自建国号为楚。桓玄篡位后，并没有杀死晋安帝，而是将他迁往浔阳幽禁。令世人没想到的是，就在桓玄篡位称帝后不久，将军刘裕便在京口举兵"讨逆"，通过一系列以少胜多的战役，最终竟能击杀桓玄、光复晋朝，实在是个奇迹。
