对外要抵抗清军入侵，对内要镇压李自成和各地农民起义，以至于国库十分空虚，即使崇祯帝一连加收辽饷、剿饷、练饷，国库依然是入不敷出，因此，朱由检不得不打起了自己亲戚和臣下的主意。
但是当时除去了魏忠贤，靠的是东林党人的帮助。魏忠贤身死之后，东林党立即在朝堂之中崛起，他们把持这江南大量的产业和财富，并且形成了一个极其庞大的利益团体，如果崇祯帝想要除去东林党，就必须将整个东林党连根拔起，如果采取逐个击破，一旦打草惊蛇，整个东林党将以南方诸地为据点而"独立"，这将让崇祯帝的皇位更加雪上加霜。
也正是因此，崇祯帝只能以借钱的名头不断向大臣们借钱，根本不敢轻易抄这些臣子的家，否则朝堂内部就要彻底分化，最终让明朝江山更快地葬送在崇祯帝手上。而崇祯帝就是在这样的噩梦开局中，靠着自己的能力，硬生生挺过了十几年的时间。
直到1644年，闯王李自成领着声势浩大的军队攻破了北京，崇祯帝的执政生涯才算走到了尽头。他携妻女一路逃亡煤山，为了帝王傲骨，他亲手杀害了自己的女儿，赐死了自己的妻妾，最终吊死在煤山歪脖树上，终年仅33岁。
