在参加政变前，秦琼是大唐极为重要的一员将领，官至右三统军，被李渊封为上柱国，多次战役中都表现英勇。而玄武门政变成功后，秦琼貌似退出了政治权利的核心，直至贞观十三年去世，整整十三年中，并未见秦琼再有任何表现。当然，我们不能排除他的身体因素，因为年连的征战，伤痕累累。
总体来说，秦琼应该没有参加玄武门政变，而是像李靖一样保持了中立态度。在贞观十七年，被列入凌烟阁功臣，排名最后一位也是一个佐证。
关于秦琼的死，在史书中明确记载着病故。而民间的传说中，秦琼却是受诅咒而亡。相传秦琼在教受他的表弟罗成秦家锏法时，发誓若有隐瞒便吐血而亡。但他教到最后一招时，却保留了"撒手锏"（又称杀手锏）。此赌咒发誓多年后果然应验，晚年在与尉迟恭比武夺印时，因举鼎而吐血身亡。
