这解决了当时的矛盾，但又出现了新的矛盾，即新的门阀制度形成，北魏政治走向僵化、腐败，而北方的六镇则逐渐没落，洛阳与六镇，对应繁华与荒凉，不再是一种和谐的关系，反而矛盾重重。
于是很快就出现了北魏历史上的第三个转折点，转折点出现在北魏孝明帝时期，准确说来应该是胡太后时期，毕竟胡太后才是实际的掌权者。
523年，柔然劫掠六镇，将本就不富裕的六镇扫了个干净，六镇镇民有苦难言，而胡太后仅仅调去了部分粮食，无疑是杯水车薪，怀荒镇出现了抢劫官府粮食事件，这似乎仅仅是试探，而到了第二年，沃野镇出现起义，各镇纷纷响应，于是六镇起义迅速在北魏大地上打响。
六镇兵力早已不复从前，再加上北魏朝廷雇佣了北方的柔然人，在柔然与魏军的夹击下，六镇起义不过一年半就被压了下去，但是起义的火种在北魏并没有熄灭，各地的起义如雨后春笋般出现。很多将领在平叛的过程中，逐渐发展自己的势力，等起义大部分被平息之后，参与平叛的主将早已经形成自己的势力，比如尔朱荣。
