但是，朝廷根本没有理他的上疏。朝廷派他跟张邦昌与金谈判割地事，秦桧三次上书请辞。
但这是汴京已然危急。宋徽宗急忙召集百官讨论，当时七十人主张割地，而秦桧等三十六人坚持不同意。1127年初，汴京告破，徽宗、钦宗被俘，并要立张邦昌为帝。时秦桧任御史台台长，对百官说："张邦昌乃反复无常的小人，今，桧不顾杀头的危险，陈说两朝的利害，请立宋的嗣君以安定四方，这不只使大宋蒙福，大金亦有万世利。"这话传到金人耳中，就派人抓他到军营，仍立张邦昌为傀儡皇帝。
从秦桧上书论"兵机四事"及反对立张邦昌而坚持立赵氏，说明这时他还是忠于国事，忠于宋朝的。但是，不坚定的人经不起严峻的考验是会变节的。
自从他跟徽，钦二帝被俘北去，据说他杀金人监视得逃回，之后就变了。原来秦桧在金营时，服事金主吴乞买之弟挞懒，在挞懒威胁利诱下，成了挞懒的爪牙。金人要其为金做事，他在公开场合拒绝，暗里则"委曲顺从"。金人南侵时，他就代金人写讨伐南宋的檄文。
