光绪亲征以后，慈禧表面上是已经不插手国事，但是遇到大事情还是要由她决定。这时候的光绪受到了外界的影响，特别是日本的明治维新给自己留下了很深的印象，自强图新的愿望愈加强烈。
《马关条约》签订之后，中国民族危机越加严重。康有为、梁启超提出了变法、练兵的请求。光绪帝不愿意就这样看着中国被瓜分掉，他准备下令变法图强，虽然她他深知慈禧太后一定会干预此事，但是他还是用手中仅有的一丝权力支持维新人士。在短短的103天的时间里，光绪帝颁布了100多条新政上谕，想要形成自上而下的全国改良性运动。
但是就在此时，以慈禧为首的顽固势力开始出面阻挠，因为这些举动已经触及到了他们的利益。顽固势力请求慈禧出面干涉，慈禧决意破坏变法，发动了政变。梁启超和康有为逃到了国外，而光绪帝被困到了瀛台。被困的光绪帝面色苍白，神经极度衰弱，肺也变得不好，身体变得越来越不好。1900年八国联军侵华，光绪帝已经没有任何求生的欲望，《辛丑条约》签订之后，他一句话也没有说。慈禧有时候非要他表态，他也只是淡漠的一两句话。
