然而，当王莽建立新朝后开始排挤匈奴，致使匈奴同中原关系恶化。王莽之后，中原再度统一，而匈奴却陷入分裂的泥潭不能自拔，最终大浪淘沙之后又分裂为南、北两部。同样南匈奴依附汉朝，北匈奴同汉朝继续对抗。不过，此时的北匈奴同当年的匈奴不可同日而语，与东汉也不是一个体量，所以越是对抗，越是没有出路。
公元91年，汉将耿夔于阿尔泰山大破北匈奴，匈奴单于亡命天涯。接下来，北匈奴又遭到之前依附民族的集团反攻，草原上已经没有立锥之地。公元93年，北匈奴被迫率残部西逃。从此，匈奴称霸草原的时代结束。
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