卫拉特人极为精明，他们并未向当时国力强劲的明朝宣战，而是转而将刀锋对准了察合台汗国。彼时尚未登临可汗之位的额森打败了卫思汗，并强娶了哈尼木公主。因为，卫思汗拥有黄金家族血统，所以，卫拉特部与之联姻后，便拥有了强大的号召力。等到额森继承汗位时，蒙古帝国疆域已扩张至长城地区，从前象征正统的哈拉和林也被其收入囊中。
1499年，明廷悔婚，怒不可遏的额森随即率军蹂躏了彼时尚处中国边陲的山西等地，明廷派出王振迎敌。双方交战后，额森歼灭明军数十万人，连皇帝都被其掳走，这就是历史上的"土木堡之变"。但是，因卫拉特人始终难以攻入宣化和大同，额森便率部众退回了蒙古。几个月之后，额森再次率兵攻打北京，但此时，他遇到了劲敌于谦，"北京保卫战"就此打响。
额森数次进攻均被其打退，后来，明朝援军赶到，因为兵力悬殊，额森只好仓皇撤退。1453年，额森与明廷议和，宣布臣服于明朝。此举表明额森已放弃了帝国的宗主权，消息传开后，蒙古各部随即宣布独立。1455年，额森被杀，其子阿马桑赤台吉继承了汗位。但是，在其攻入察合台汗国后，卫思汗之妹及其子在后方制造混乱，极大的削减了卫拉特人的实力。
在卫拉特部的实力被削减时，成吉思汗后裔却并未立刻反攻，彼时，他们正为了争权夺利而互相残杀。1467年，满都古勒大汗在讨伐侄孙的战争中去世，而博勒呼济农作为继承人，也在继承汗位之前被暗杀。至此，昔日兴旺的黄金家族仅剩一个小男孩，他就是继承人之子达延。
