残元政权的覆灭，使得明朝失去了一位政敌。彼时的蒙古已成为"边患"了，而非前朝残余势力。所以，在贵力赤夺取霸权之后，永乐皇帝朱棣并未责难他，反而表示了友好，并承认其对蒙古各部的宗主权。
1400年，贵力赤被阿苏特部首领阿鲁台及卫拉特部首领马哈木联合打败。马哈木及阿鲁台希望部族能够在独立于蒙古人之外的情况下获得承认，而非做蒙古帝国的大汗，所以，他们在打败贵力赤后，直接向明廷效忠，表明自己的部族是不会争夺大汗之位的。
这样的臣服深得明廷赞赏，于是，明朝廷便给了他们极大的统治支持。因为有明廷做后盾，卫拉特部的霸权一度扩张至整个西蒙古地区。但是，这两个部落的统治并不长久，因为，贵力赤之子额色库再次崛起。他向阿鲁台及马哈木发起了挑战，誓要争夺大汗之位。
经过十多年的战争后，额色库病逝。并在额色库争夺宗主权之际，额勒伯克之子本雅失里复辟了汗位。作为黄金家族的后裔，本雅失里显然更具号召力。不久之后，阿鲁台等蒙古各部便站在了本雅失里这边。
明朝怎会允许残元政权复辟，在收到消息后，永乐皇帝立即亲率大军攻入蒙古。1410年至1411年间，明军击溃了阿鲁台军队。此战之后，本雅失里失去了权威。1412年，马哈木率领卫拉特部众打败了这位正统的代表者，趁机夺得了汗位。
