1370年的5月，妥欢帖睦尔在沙拉木伦河河畔郁郁而终。元顺帝死后，其子爱猷识里达腊继承了衣钵，残元政权又维续了八年。即位之初，这位新残元皇帝还意气风发，誓要重登皇位。但现实却给了他重击。到了1373年，明廷派出徐达攻打哈拉和林，要知道，哈拉和林可是黄金家族荣耀的象征，一旦被明军攻破，蒙古帝国也将随之消失。
正是因为其重要性，徐达所率领的部队遭到了蒙古人的顽强抵抗。但是，徐达攻势汹涌，他逼得爱猷识里达腊几近绝望边缘。后来，明军因战线太长，止步于土拉河畔。几年之后，爱猷识里达腊抱憾离世，其子脱古思继承了皇位。作为残元第三任皇帝，脱古思统管的区域已缩至蒙古帝国的最初规模，恢复帝国昔日的荣光，显得更加遥遥无期了。
到了1388年，明朝派出了十万大军攻打残元，七万部众被俘，新皇脱古思逃走后被部下勒死。经此一战，残元政权光环不再，众多蒙古部落脱离其自立。到了1399年，贵力赤杀死了最后的大汗额勒伯克，残元最后一任皇帝覆灭。
至此，延续三十年之久的残元政权被灭，蒙古再次进入部落纷争的阶段。
