讲道理说，既然吴三桂能带着清兵入关，灭掉南明。那么一部分蒙古人凭什么就不能背叛元朝，帮助明朝推翻元廷呢？并且，实事求是的说，当时的蒙古人除了向明朝归顺以外，貌似也没有别的更好的选择了。
元朝末期，蒙古人其实活的很痛苦。元廷中央政府因为围剿红巾军不利，其统治陷入了一个恶性死循环。
大致的逻辑是这样的：红巾军起义→元廷派兵镇压→红巾军暴揍元军→元廷放权→地方实力派自练武装→红巾军被军阀击败→元廷中央收权→地方实力派拒绝中央收权→元廷和地方实力派内讧→红巾军趁元廷内讧再度复苏→朝廷再次向军阀妥协→红巾军被军阀再次击败→元廷中央再次收权→中央和地方继续内讧→红巾军趁元廷内讧再度复苏。
然后，元廷再度放权，再度跟军阀死磕，这个死循环就继续不停的循环下去。
在这个死循环下，元廷、红巾军、地方实力派都是对立的。而蒙古人则很倒霉。因为在镇压红巾军的过程中，有一部分蒙古人完全不知道自己该干嘛。打的太卖力，会受到猜忌；打的不卖力，也会受到猜忌。
最后的结果就是两条选择--要么同意朝廷的削藩，向朝廷卸甲交权；要么跟汉人势力合作，可以继续保留兵权。
有些蒙古人为了自保，自然而然的就倒向了反元势力。
当然了，这些早期因为受猜忌而不得不向元廷倒戈一击的蒙古人，毕竟只是少数。绝大多数归附大明，背叛大元的蒙古人，其实都是后来在朱元璋北伐期间，陆陆续续向大明归附的残兵败将。
说到这里，就要讲一下朱元璋北伐前后，蒙古人的稀烂表现了。
1363年，朱元璋全力和陈友谅决战，南北红巾军大PK，这个时候本来是元军南下，剿灭朱元璋、陈友谅等反元势力的大好时机。然而恰恰就在此时，元廷内部也内讧了。
这一次内讧不是元廷和军阀的内讧，而是元朝朝廷的内讧。
简单点说，就是元廷帝党和后党的一次摊牌式的内斗。而因为这场内斗，又连锁反应的引发了孛罗帖木儿与扩廓帖木儿之间的大混战，导致元朝元气大伤。
具体的说，就是元廷的奇皇后和高丽籍宦官朴不花，联合后党成员搠思监，准备逼元顺帝退位。而要逼顺帝退位，就要扳倒在大都附近拥有强大实力的孛罗帖木儿。于是他们就迫使顺帝下旨，削夺孛罗军权官职，并命扩廓帖木儿（就是王保保）讨伐。由此引发元廷内讧。
这一场内讧，直接引发了元廷和拥元各派之间大战。战争打了两年时间，最后王保保击败孛罗，成为元朝最大的军阀，拥兵几十万镇守河南。无论是顺帝党还是皇后党，都无法指挥王保保。
成为最大的地方实力派后，王保保决定吞并陕西。他以南征为名，征调割据陕甘一带的汉人拥元军阀李思齐，张良弼，孔兴等人的部队去到河南。打算来个调虎离山，占据关中平原。
李思齐那帮人精心知肚明，哪里会看不出王保保的诡计？于是，这帮割据陕西的地方实力派也不甘示弱，他们集合几路大军，就打算开出潼关跟王保保开战。
当时正好是朱元璋灭张士诚的关键时刻。如果元军不内讧，而是南下，朱元璋肯定不会那么容易就灭了张士诚。但是朱元璋命中由福气。他在荡平张士诚期间，元军硬是没有南下打他。
在朱元璋灭了张士诚后，元顺帝眼瞅着王保保不南下，反倒和李思齐斗，大为不满。就下诏给王保保，免了他的一切职务。
王保保不甘示弱，元顺帝免他的职，他就带着兵马退居山西，直接杀了元朝官员，在山西明目张胆的搞割据。
元顺帝大怒！下圣旨，调集天下兵马，准备讨伐王保保。
但是转过年，就是1368年了--是的，朱元璋要北伐了。
1368年，徐达、常遇春率两路大军北伐。明军先攻山东，取得大胜。
就在明军初战大捷时，元朝方面的元廷、王保保、李思齐，居然还在三方混战。
后面的事情，不用多说也猜的到了。明军一路北上，直指大都，可元军内部的实力派却继续搞内讧，坐视明军取大都。
最狠心的就是王保保。当明朝北伐大军渡过黄河，元顺帝向他服软，求他救驾时，他居然接了圣旨，却不附旨意，驻兵山西，坐观元廷继和明军交战。直到元军战败，徐达大军攻入大都，元顺帝北逃上都后，他才调集大军和明军开战。
元顺帝北逃后，蒙古人面临了一个做三选一的抉择：要么随元顺帝一起北逃，要么跟随王保保搞割据，要么倒向明朝。
最后，只有六万户陪元顺帝一起北上，基本上没有人跟着王保保。剩下绝大部分的蒙古人都投降明朝。
至于说大部分蒙古人为什么要投降大明，道理很简单。因为元朝已经烂透了，跟着元顺帝会被王保保揍，跟着王保保又会被元顺帝揍。大家都是蒙古人，但内讧掐架的时候打的比汉人还狠。这么险恶的环境，让普通的蒙古人怎么还敢跟着顺帝或者王保保混？
并且明朝有钱，蒙古人跟着明朝混，生活待遇明显更高。况且，明朝缺乏骑兵，蒙古骑兵是明军不可或缺的一股力量。普通蒙古人此时倒向朱元璋，明显比跟着元顺帝和王保保要来的安全和实际。
总的来说，归顺明朝的蒙古人，并非是不认可自己的蒙古人身份。他们只是根据当时的实际情况，认为跟着明朝比跟着北元，前途会更好一点而已。如果一旦能自立，很多蒙古人还是会选择脱离明朝。比如明初归降的蒙古兀哈良三卫在朱棣时期取得半割据权限后，立马就脱离了明朝，在大宁卫割据了两百年，奠定了后来漠南蒙古的雏形。
