在江西，农民起义军打击官吏和地方豪强势力，多次杀掉宋理宗派来的劝降使臣；浙江农民起义，反对地主用大斗收租；福建农民起义声势浩大，地方官吏望风而逃。
农民起义沉重地打击了南宋的统治，使南宋王朝走向灭亡之路。
理宗病重的时候，曾下诏征求全国名医为自己治病，但无人应征。理宗病逝，死后葬于会稽附近的永穆陵。
他去世之后，仅仅过了十五年，陵墓便被一个叫杨琏真珈的僧人盗发。理宗的尸体因为人殓时被水银浸泡，盗墓者就把其尸体从陵墓中拖出，倒悬于陵前树林中以沥取水银；随后将理宗的头颅割下，并制作成银器，送交北京大都元朝统治者，躯干则被焚毁。
