燕然都护府的驻地并非在漠北，而是在漠南的受降城，第一任都护为扬州司马李素立。唐朝又将漠北 铁勒 各部册封以都督府和州的称号，大部落封为都督府，小部落封为州，一共六都督、七州，总归属于燕然都护府节制。当时的 回纥 部就是册封为瀚海都督府。
三，安北、单于两大都护府的形成
649年，唐朝联合铁勒各部开始向盘踞在阿尔泰山一带的东突厥的残余势力--乙注车鼻可汗发动了进攻。到650年，乙注车鼻可汗被消灭，由此大漠南北彻底纳入了唐朝的势力范围之内。此时唐朝又要控制更多的部落，以前的燕然都护府已经不再适应情况的发展。唐朝的大漠 羁縻府州 开始调整。
两大都护府的设置情况
首先，在漠南设置 瀚海都护府 以管辖原东突厥和薛延陀各部。原来的突厥各羁縻州已经被撤销，现在重新设置了更多的羁縻州来安置突厥和薛延陀各部。同时，由于薛延陀灭亡，原本属于薛延陀势力范围内的契丹、奚等部落都纳入了唐朝的势力范围内，唐朝册封其为松漠都督府和奉诚都督府，都归于瀚海都督府节制。663年，又改名为云中都护府。664年改名为 单于都护府 。
此时的燕然都护府就主管漠北军事，除了管理过去的"六府七州"之外，还增加了2府9州，册封的主要部落有骨利干部、俱勃罗部、白霫（xí）别部、阿特部、 葛逻禄 左厢部、葛逻禄右厢部、羯漫陀部、结骨部等。
但是燕然都护府的基地在漠南，而名义上管辖的部落却位于漠北，这就让燕然都护府有点鞭长莫及的感觉。于是，在663年，燕然都护府就迁徙到了漠北，并且改名为了瀚海都护府（可以理解为将瀚海都督府提升为都护府），由回纥可汗世袭都护一职。这就相当于扶持回纥作为漠北的领袖，而回纥的首领也是对唐朝称都护，对漠北称可汗，瀚海都护府名存实亡。669年，又改瀚海都护府为 安北都护府 。
后突厥汗国强大起来后，大漠南北又被突厥占据，唐朝的各大都督府又被迫撤销。698年，单于都护府废除，不久安北都护府也被迫南迁到塞内。一直到后突厥灭亡后，两大都护府才重新恢复。此后，回鹘汗国大汗继续被册封为安北都护一职，而单于都护府也继续管辖漠南。
