贞观二十三年，公元649年5月26日，唐太宗李世民驾崩于终南山的翠微宫，程咬金被视为最亲近的大将，安葬完李世民后，护送唐高宗李治回长安登基继位，此后6年间由长孙无忌当权。
长孙无忌当权后，虽然李治已经成年，但还是像个孩子一样被其摆布，国家大事小情都由长孙无忌做主，而那些长孙无忌之前的政敌自然也被其挨个铲除，程咬金因为与长孙无忌都是秦王府旧将出身，二人之前又没什么隔阂，所以仕途依然很坦荡，被迁为辅国大将军、左卫大将军等职。
之后，不甘做傀儡皇帝的李治、武则天夫妇一同拉拢关东籍文臣武将制衡长孙无忌，程咬金出身于山东，跟武则天是同乡，自然是他们夫妇二人拉拢的对象。
而程咬金也支持李治收回皇权，但却不想卷入他们与长孙无忌的政治斗争之中，于是在他出任葱山道行军大总管，讨伐阿史那贺鲁的时候，默许了手下军官的屠城，被李治顺理成章地罢了兵权保留俸禄回家养老，安安稳稳的过了八年太平日子，在老家安享了晚年。
