这个问题在目前来说争议比较大，没有一个明确的说法和确凿的证据来说明朱棣到底是不是马皇后所生，朱棣到底是不是朱元璋嫡子？如果朱棣没有篡位登基，也不会有人关心这个问题。由于朱棣得位不正，后来就传出朱棣非马皇后所生的说法。有野史记载碽妃（朝鲜后妃）就是朱棣生母。《明朝那些事》采纳这个说法。还有一种更离奇的说法是，朱棣之母是元顺帝宠妃所生。甚至说成朱棣是元顺帝高丽妃所遗腹子。
之所以有这么些谣言。就是因为朱棣是篡位登基杀戮太重，为了恶心朱棣，更加坐实朱棣不仅是篡位而且是庶子登基。朱元璋一共有二十六个儿子，与结发妻子马皇后育有五个儿子好和两 个公主分别是朱标，朱樉，朱棡，朱棣和朱橚。令人匪夷所思的是，其他所有子女都没有异议。唯独朱棣存在非议。民国史学大家傅斯年经过考证认为朱棣是碽妃所生。这是历史上第一次对朱棣的身世产生质疑。但这以说发没有得到其他明史专家的认可。
而公认的明史第一大家吴晗对此却另有说法 。吴晗认为即便朱棣不是马皇后所生，所有的"官方文件"肯定会被全部销毁。不仅如此，朱棣登基以后，建文时期所有的文字基本都销毁了，存在的只是私人笔记。但很难确定这些私人笔记的准确性。朱棣登基以后，不仅篡改史料 。而且多次强调自己是马皇后所生，朱棣对于建文修订的太祖实录一改再改，其用意在嫡出一事。从侧面说明朱棣非马皇后所生的证据。再就是马皇后五个儿子出生间隔时间太短。过于频繁有为生理常识。
正史记载是马皇后生的朱棣，而《太常寺志》记载的是里朱棣是瑣妃所生。但问题是《太常寺志》原书已经散失，是从其他史料里引用所提到的。所谓孤证不证这个史料并不足信。在就是然如果朱棣碽妃所生，朱棣真敢给删的一点痕迹没有？这在封建时代可是不可想象的，朱棣登基的时候已经39岁，真是碽妃所生真隐瞒不住，最关键一点碽妃如果真是朝鲜人，朝鲜李氏王朝一定会有官方记载。以现在韩国的性格，有这样的"好事"还不大肆炫耀说朱棣朝鲜人？
就目前的证据看来，是马皇后的可能性最大的，所有的非议都发生在朱棣的身上，而没有怀疑其他儿子，本身就说明 这件事情是后世编排和胡说。
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