可是无论在哪个集团，都会有内部的竞争，而在政权竞争中大多以恶性为主，刘穆之也遇到了。刘毅等人经常在刘裕面前说刘穆之的坏话，想以此削弱其权力。但是刘裕非常信任他，而他也是竭尽全力做事。
刘穆之的定位也很清晰，对内总理朝政，对外供应军队需求，可以说是一个大总管。而刘穆之在岗位上也是尽职尽责，朝内外的各种政事颇多但从不紊乱。他可以做到眼看讼词，手答来信，耳听诉说，口作应酬，不相混淆，一心多用。又言谈欢笑，整天到晚，不曾疲倦困苦。可以说把工作和自己的生活完美结合，不怠工，而且刚有点闲暇，又动手写书，翻看文章，校订古籍，增强自己的学识。
进入刘裕集团以来，刘穆之就是刘裕所倚重的，从策略决定的大事到督促刘裕书写的小事，基本都是他在处理，而刘裕这个董事长像极了甩手掌柜。可以说在前期没有刘穆之，刘裕不会扩展得那么快。这也就是刘穆之死后刘裕感慨道："穆之不死，当助我理天下。可谓'人之云亡，邦国殄瘁'"。刘穆之已经成为刘裕的头号倚仗，所做之事都是宋夯实基石之事。
